しかしリスの治療を依頼すると「それならお任せだ」とばかり急にシャキっとしたドリトル、動物たちをスタッフにしてリスをあっという間に直してしまい、勝手にケヴィンという名前までつけてしまう。動物たちと心を通わせているドリトルの姿に魅せられたトミーは助手を志願する。

 その頃、屋敷に入ってきた少女レディ・ローズ(カーメル・ラニアード)は女王陛下の使いを名乗り、危篤状態に陥った女王の治療を依頼する。外に出たくないドリトルは断ろうとするのだが、女王陛下の保護区であるこの庭園は女王が亡くなれば国のものになって全員追い出されるのだと聞かされ、渋々バッキンガム宮殿に。

 女王の病状に不審を抱いたドリトルは水槽に飼われたタコのレオナから女王が毒を飲まされていることを聞き出し、犬のジップが鼻を利かせ、毎日飲む紅茶に「ベラドンナの毒」が含まれていると見抜く。解毒するためにはリリーが探し求めていた「エデンの樹の果実」が必要だ。ドリトルらはリリーの故郷である島にエデンの樹の在り処を記した冒険の日誌を取りにいく。だが日誌の持ち主はリリーの父親である海賊王ラソーリ(アントニオ・バンデラス)であり、ラソーリは娘を奪い去ったドリトルを許していなかった。

 さらに島へ向かう一行を、ドリトルをライバル視する医師のマッドフライ(マイケル・シーン)がつけ狙っていた。