風の谷の人々は犠牲者の埋葬や、飛行船が運んできた胞子を燃やすことに人手を割かれる。胞子を早い段階で除去しなければ有毒なガスを放出するからだ。

 そんな中、トルメキアの軍司令官、クシャナが指揮する舞台が風の谷を襲撃、トルメキアの兵によって病床の族長ジルは殺されてしまう。父の死に我を忘れたナウシカは兵士たちを殺してしまうが、ユパによって静止される。

 飛行船に遭った巨大な繭はかつて「火の七日間」で世界を焼き尽くした兵器、巨神兵の胚であった。胚はペジテの地下から発見され、そのためにペジテはトルメキアの襲撃を受けたのだった。飛行船が破壊されたことで本国への輸送が不可能になったためにクシャナは、風の谷で巨神兵を復活させることを決断。

 密かに胞子の研究を続けていたナウシカは腐海や蟲が自然を破壊するのではなく、むしろ逆で自然を再生させるために存在していることを確信しており、破壊のための兵器である巨神兵の復活を阻止しようとする。