あのブギーマンに後継者が現れる!? そんな意外な展開が『ハロウィン THE END』では待っている。舞台となるのは、おなじみ米国イリノイ州にある架空の街・ハドンフィールド。大学進学を目指す真面目な若者・コーリー（ローハン・キャンベル）は、ハロウィンの夜にベビーシッターを頼まれた。だが、いたずら好きな少年・ジェレミーの悪ふざけが原因で事故が起き、ジェレミーは転落死してしまう。
裁判では無罪となったコーリーだったが、一部の人は「サイコパス野郎」と冷たい目で彼を見ていた。心を閉ざすコーリーに、優しく接するのはローリー（ジェイミー・リー・カーティス）だった。殺人鬼マイケル・マイヤーズとの一連の抗争によって、彼女も街では変人扱いされていた。ローリーの孫娘・アリソン（アンディ・マティチャック）も、コーリーに好意を抱くようになる。
再び、ハロウィンの夜。アリソンはコーリーを誘って、ハロウィンパーティーへと出掛ける。だが、「よくパーティーに来れるわね」と、コーリーは罵声を浴びせられる。その場を逃げ出したコーリーは、さらに街の不良たちからボコボコにされるはめに。
身も心も傷ついたコーリーは、古い下水道に潜んでいたマイケル・マイヤーズ（ジェームズ・ジュード・コートニー）と遭遇。2人の深い心の闇は共鳴し、コーリーの性格は豹変。ハドンフィールドは、新たなる惨劇を迎えようとしていた。
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