ネコやイノシシなども目撃されたという情報の下、かつてにぎわいを見せていたであろう公園や小・中学校、病院、アパートなどを巡り、当時の暮らしに思いをはせながら、島内をくまなく探索し生物調査を行う。観光できる軍艦島のスポットはわずかだが、今回、立ち入り禁止区域の中へと潜入することで、めったに見られない廃虚の姿があらわとなる。海で隔てられたこの島で今も暮らし、独自の生態系を保ちながらも、当時と変わらない生き物が2人を待っていた。

　そして、番組は、3年前に九州を襲った豪雨災害で被害が大きかった熊本県南部の様子も伝える。この地を流れる球磨川が氾濫し、人吉市で全世帯の5分の1に当たる3000世帯が浸水した。以前番組にSOSを送ってきたのは、人吉市で100年以上の歴史を持つ旅館「しらさぎ荘」。建物から眺めることができる池は、「熊本県平成の名水百選」にも選ばれた湧水が満たし、悠々とコイが泳ぐ姿は多くの旅人の心を癒やしてきた。

　しかし、先の氾濫で庭にも土砂が流れ込み、自慢の池が変わり果ててしまったため、池をなんとかしてほしいというSOSを受け、復活大作戦が始動した。あれから2年。被害を受けた建物の修復も終わり、ついに「しらさぎ荘」がオープンするという知らせが入る。土砂に襲われ、復活大作戦を行ったその後の姿を確かめるべく、再び「しらさぎ荘」へ。驚くべき池の姿が明らかになる。