2年前、突如としてシンガポールに現れた天才外科医・Dr.チョコレートは、どんなに難しい手術でも、相手が誰であれ必ず成功させる。ただし、メスを執る条件は三つ。現金1億円と秘密保持契約書へのサイン、そして相応のチョコレートを用意すること。故に、その正体を誰も語ろうとはしないが、うわさでは、Dr.チョコレートの右手は義手であるらしい――。唯こそが、Dr.チョコレート。ある目的のために帰国した、天才的なオペスキルを持つ10歳の少女だったのだ。
帰国早々、Dr.チョコレートの代理人・Teacherこと野田のもとに、依頼が舞い込む。クライアントは議員秘書の登戸龍彦（駿河太郎）。救うべきは、龍彦の父で与党総裁選に出馬予定の衆議院議員・登戸龍男の命だ。依頼を引き受けたTeacherは、破格の報酬を餌に、うなぎ（斉藤）、残高（小澤）、ギルベルト（葵）、足湯（鈴木）、お笑い（前田）、出川（古川）ら、能力を持て余したすご腕の医療スタッフを次々と招集。やがて、Teacherの下に最強の医療チーム“チョコレート・カンパニー”が結成される。こうして、2年前の事件の真相を解き明かすため、TeacherとDr.チョコレートの訳あり手術が始まる。
