セルフメディケーション税制での控除額は以下のように計算します。
控除額 ＝ 対象医薬品の購入金額 － 1万2000円（上限8万8000円）
3. 対象となる医薬品
薬局やドラッグストアで購入できるスイッチOTC医薬品（処方箋なしで購入可能）などが対象です。対象の医薬品はパッケージに「セルフメディケーション税制対象」などの記載があり、健康保険適用外の一般薬のみが対象です。
4.確定申告の注意事項
（1）証明書類の提出：セルフメディケーション税制を利用するには、医薬品の購入金額の明細書と、健康診断や予防接種の受診を証明する書類が必要です。
（2）医療費控除との併用不可：医療費控除とセルフメディケーション税制は併用できません。どちらか有利なほうを選択して申告します。
（3）保管期間の確認：明細書や証明書類の保存期間は5年間で、税務署から求められた場合に応じられるように、備えておく必要があります。
まとめ
医療費控除は年間の医療費が10万円（または総所得の5％）を超える場合に申請でき、入院費や通院費も対象となります。
セルフメディケーション税制は、日常的に使う市販薬の購入費用に焦点をあてた制度で、1万2000円を超える購入費用が控除対象です。一般的にいうと入院費、通院費が大きい人は医療費控除を、薬のみで医療費の少ない人はセルフメディケーション税制を選択したほうが控除額は大きくなります。
申請時は各控除の条件を満たしているか、必要書類がそろっているかを確認し、控除額が多くなるほうを選択することがポイントです。
出典
国税庁 No.1122 医療費控除の対象となる医療費
国税庁 No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）【セルフメディケーション税制】
執筆者：浦上登
サマーアロー・コンサルティング代表 CFP ファイナンシャルプランナー