野田がコックピットに入ると、副操縦士の横で機長がぐったりしていた。早速瞳孔や脈の測定を始めたのは、なんと野田ではなく、後から入って来た唯。慌てふためく副操縦士に「子ども扱いしないで。年齢なんてただの数字」と言い放つ唯は、あり合わせの道具で完璧な処置を施し、機長の命を救ってみせる。
2年前、突如としてシンガポールに現れた天才外科医・Dr.チョコレートは、どんなに難しい手術でも、相手が誰であれ必ず成功させる。ただし、メスを執る条件は三つ。現金1億円と秘密保持契約書へのサイン、そして相応のチョコレートを用意すること。故に、その正体を誰も語ろうとはしないが、うわさでは、Dr.チョコレートの右手は義手であるらしい――。唯こそが、Dr.チョコレート。ある目的のために帰国した、天才的なオペスキルを持つ10歳の少女だったのだ。
帰国早々、Dr.チョコレートの代理人・Teacherこと野田のもとに、依頼が舞い込む。クライアントは議員秘書の登戸。救うべきは、龍彦の父で与党総裁選に出馬予定の衆議院議員・登戸龍男の命だ。依頼を引き受けたTeacherは、破格の報酬を餌に、うなぎ(斉藤)、残高(小澤)、ギルベルト(葵)、足湯(鈴木)、お笑い(前田)、出川(古川)ら、能力を持て余したすご腕の医療スタッフを次々と招集。やがて、Teacherの下に最強の医療チーム“チョコレート・カンパニー”が結成される。こうして、2年前の事件の真相を解き明かすため、TeacherとDr.チョコレートの訳あり手術が始まる。